Baby, Please Kill Me! Kill Me Baby表面上看來，索尼婭（田村睦心 配音）是一個扎着雙馬尾的金髮美少女高中生，但實際上，她有着一個祕密的身份——殺手。作爲一名殺手，索尼婭有着異常敏銳的神經，任何突然靠近她的生物，都會受到她的強力攻擊。少女折部安奈（赤崎千夏 配音）自稱是索尼婭的朋友，但似乎沒有得到索尼婭的認可。因爲其大大咧咧的天然呆個性，安奈經常成爲索尼婭本能攻擊的受害者。 在無意間，安奈發現，雖然索尼婭是個令人聞風喪膽的殺手，但她在昆蟲和妖怪方面卻有着意外小的膽量，這也成爲了拉近二人關係的重要契機。同時，索尼婭的殺手同事吳織亞切（高部愛 配音），毫無存在感的不知名少女（釘宮理惠 配音）也來到了安奈的身邊，殺手和少女們熱鬧的日常生活展開了。